Merck Millipore Milliplex 原理類似 ELISA，主要是利用抗體抗原免疫鍵結原理來偵測。ELISA 是將抗體 coating 在固態的盤子上; 而 Milliplex 則是將抗體 coating 在微珠上，藉由不同比例的紅光及遠紅外光螢光染劑混合，總共可以混合成 100 種的 color-code 。每一個不同的 color-code 微珠可接上專一性辨識特定蛋白的抗體，來辨識樣品中的特定蛋白，然後與標誌 Biotin 的 Detection antibody 作用，最後加入 SAPE (Streptavidin Phycoerythrin) 螢光抗體反應。以 Luminex 機器進行偵測。因此，Milliplex 可以達到在同一個 well 中同時定性並定量多種蛋白的表現 (Multiplex)。