BioNumerics 生物資訊分析軟體
BioNumerics
是市面上唯一的軟體平台,可同時整合所有生物資訊研究應用技術的各項數據資料,包括 NGS 序列資料、電泳膠圖譜資料、包括 MALDI-TOF MS 等層析儀與分光光度儀的圖譜資料、蛋白質二維電泳圖檔資料、表型性狀或生化反應性狀資料、微矩陣技術結果資料,及蛋白質與核酸序列等等。
獨特整合能力
BioNumerics 最獨特的能力即在於整合各種從基因體 (genomic) 到表現型態 (phenotypic) 全面性的生物資訊,進而建立在一個完整的資料庫與引導出具整體性的結論。
功能最完整
BioNumerics 為目前功能最完整的生物資訊資料處理與比較分析軟體,且獲得全球各級研究室使用中,包括各知名大學、醫院及公共衛生研究單位、食品工廠、製藥工廠,以及各私立研究單位。應用於流行病學研究、醫院院內感染監控、基因型分類研究、品質管控、物種篩選與育種、環境監控等等。
BioNumerics 軟體套件分別包含數據處理模組與資料分析統計模組,可根據應用的需求選擇模組。
數據處理模組
Fingerprint Data module
任何密度質譜曲線紀錄檔如 profile of peaks 或條帶資料等,均定義為指紋圖譜資料類型,包括膠體電泳圖片檔,毛細管電泳圖譜原始檔,GC 或 HPLC 等層析結果紀錄檔,分光光度儀圖譜,MALDI 與 SELDI 等質譜儀圖譜資料。
Character Data module
可處理純文字數值資料與 ODBC 相容資料 (如 MS Excel®,MS Access® 等)。 數值化資料可以包括任何文字記錄、數字資料、0/1 二分法資料、以及電泳實驗為基礎以獲得數值的實驗資料,如 MLVA、MLST、HIV 抗藥性預測分析等。
Sequence Data module
序列型態包括核酸序列與胺基酸序列。接受純文字序列資料,可直接下載並轉入來自 EMBL、GenBank、FlatA 及 FASTA 等序列資料庫的檔案,可轉入 NGS 大量序列資料, 例如 Roche、Illumina、IonTorrent 等,進行 contig 與 power assembly 快速排列組合得完整序列。
資料分析統計模組
Character Data module
利用各種可用之相關性於完整之資料庫或自建之資料庫中進行快速鑑定。使用開放性無限制之多資料庫系統可建立高特異性鑑定資料庫,特殊之相似性分析與設定可依不同之試驗型式而建立。可建立自動的檢索動作流程。
Audit Trails module
數位簽章功能,紀錄 BioNumerics 軟體中任何資料庫主題的所有變更過程,包括單純的登入紀錄到完整的分析參數追蹤,符合 GFP 規範與 FDA 21 CFR Part 11 條款。
BioNumerics 應用性相當廣泛,包括:
AFLP-Based Band Scoring
Antibiotic Resistance Profiling
Community Fingerprinting
Diversilab Genotyping
Functional Genotyping
Hetero-Duplex Analysis (HDA)
HIV Drug Resistance Prediction
ISSR-PCR Using Qiaxcel
ITS Typing
MALDI-TOF Bacterial Identification
MIRU-VNTR Typing
MLPA Analysis
MLST Analysis
MLVA Typing
Molecular Surveillance
PFGE Typing
Sequence-Based Typing
Sequence Repeat Typing
Smartfinder Data Analysis
Spa Typing
Taqman SNP Genotyping
Wgmlst Analysis
Wgsnp Analysis
MLST analysis
MLVA typing
Molecular surveillance
PFGE typing
Sequence-based typing
Sequence repeat typing
SmartFinder data analysis
spa typing
TaqMan SNP genotyping
wgMLST analysis
wgSNP analysis