miRNA/lncRNA Research
Non-coding RNA (ncRNA)
泛指不轉譯蛋白質的 RNA (non-messenger RNA)，一般熟知的包括 rRNA、tRNA 及 snRNA 等皆屬 ncRNA。
近年來 Non-coding RNA 研究越來越受重視的原因是發現 non- coding RNA 具有調節基因表現的功能。這群 regulatory RNA 包括 small non-coding RNA (microRNA、siRNA等 ) 及 long non-coding RNA (LncRNA)。其中 small RNA 的研究較為成熟，功能及分子機轉也較為清楚，相對的另一群 LncRNA 的功能和機制也有越來越多學者探討，目前已知與發育、幹細胞維持、癌症及一些疾病相關，由於表現非常具有特異性，因此可以作為疾病的 biomarker。
而 SBI 的相關產品有：pre-made miRNA expression /knockdown constructs 或 miRNA/lncRNA qPCR profiling array。
miRNA 研究流程
1
純化樣品中的 RNA/small RNA
推薦 Zymo Directzol 或 Quick-RNA 系列產品
2
找出欲研究的 miRNA
推薦 SBI miRNA qPCR profiling array
3
研究其 miRNA 的功能
推薦 SBI miRNA pre-made miRNA expression 或 knockdown constructs
反轉錄 cDNA 試劑，可用來測量所有 small RNA 表現 (例：miRNA、siRNA 等)
一次反轉錄所得的 cDNA 足夠進行上千次的 qPCR
高靈敏度：最少只需 10 pg total RNA
操作方便：單管反應，三個步驟，兩個小時輕鬆完成
內附三個 control：Human U6、Mouse U6、 Human/Mouse miR-16
單管操作，只需做一次反轉錄即可進行上千個 miRNA qPCR
miRNA qPCR Profiling Array
可同時觀察多種 miRNA 表現量
利用 qPCR 反應 精確定量 miRNA 含量
內附 Excel 版軟體，數據分析容易
產品豐富，組裝常見的 miRNAs primer set，分別有 human (1113 種)、 mouse (708 種)、rat (388 種)，另亦有與 Cancer相關或 Stem cell 相關的 biomarkers panel。
Overexpress MicroRNAs using Lentivectors
表現 native miRNA，確保具有正常的 processing 及功能
可做 transient transfection 或包裹成 lentivirus 感染難轉殖的細胞
human clones 帶有 GFP，mouse clones 帶有 GFP 及 PuroR，方便觀察 miRNA 表現，或進一步挑選 stable clones
透過載體表現 Precursor miRNA，經由細胞內 Drosha/Dicer 作用，形成 mature miRNA 以達大量表現 miRNA 的目的。
細胞成功的高度表現 miR-205 以及 GFP
利用 anti-sense miRNA 與內生性 miRNA 結合，進而抑制 miRNA 功能
可做 transient transfection 或包裹成 lentivirus 感染難轉殖的細胞
載體帶有 GFP 及 PuroR，方便觀察，或進一步挑選 stable clone
透過載體表現 miRNA 互補股，與內生性的 miRNA 結合，以達到抑制該 miRNA 的功能。
實驗設計通常會做一組 overexpression 和一組 knockdown 相互比較，觀察 target protein 的表現。
LncRNA 研究流程
1
純化樣品中的 RNA
推薦 Zymo Directzol 或 Quick-RNA 系列產品
2
找出欲研究的 LncRNA
推薦 SBI LncRNA Profiler complete qPCR Array
3
研究其 LncRNA 的功能
推薦 siRNA knockdown (shRNA expression vectors)、Stable over expression (Lentivirus / Retrovirus delivery)
90 種與 Cancer 及 Stem cell 相關的 LncRNA
83 種與疾病相關的 LncRNA
內含 5 種 positive housekeeping reference controls，1 種 negative control
5 種 positive housekeeping reference controls：
- Nucleolus : SnoRNA RNU43 or 18S rRNA
- Nucleus : snRNA U6B
- Cytoplasm : GAPDH, Lamin A/C (Human Array), Beta Actin (Mouse Array) and 18S rRNA
LncRNA 的反轉錄建議使用 polyA + Random primers 效果才好
